El encaminamiento de la calidad del agua en los enlaces del conducto supone que éste se comporta como un reactor de tanque agitado continuamente (CSTR). Aunque la hipótesis de un reactor de flujo de pistón puede ser más realista, las diferencias serán pequeñas si el tiempo de desplazamiento por el conducto es del mismo orden que el paso de tiempo del encaminamiento. La concentración de un constituyente que sale del conducto al final de un paso de tiempo se calcula integrando la ecuación de conservación de la masa, utilizando valores medios para cantidades que pueden cambiar con el tiempo, como el caudal y el volumen del conducto.
La modelización de la calidad del agua en los nodos de las unidades de almacenamiento sigue el mismo planteamiento utilizado para los conductos. Para otros tipos de nodos que no tienen volumen, la calidad del agua que sale del nodo es simplemente la concentración de la mezcla de toda el agua que entra en el nodo.
La concentración de contaminante en un conducto y un nodo de almacenamiento se reducirá por una reacción de desintegración de primer orden si el coeficiente de desintegración de primer orden del contaminante no es cero.