A EPANET rastreia a mudança na qualidade da água de parcelas discretas de água conforme elas se movem ao longo dos tubos e se misturam nas junções entre etapas de tempo de comprimento fixo. As seguintes ações ocorrem dentro de cada uma dessas etapas de tempo:
Para reduzir o número de segmentos, a Etapa 2.4 só é realizada se a qualidade do novo nó diferir por uma tolerância especificada pelo usuário daquela do último pacote no link de fluxo de saída. Se a diferença de qualidade estiver abaixo da tolerância, o tamanho da última parcela atual no link é simplesmente aumentado pelo volume que flui para o link ao longo do tempo e a nova qualidade da parcela é uma média ponderada por volume do nó e qualidade atual do pacote.
Esse processo é então repetido para a próxima etapa de tempo de qualidade da água. No início da próxima etapa de tempo hidráulico, qualquer link experimentando uma reversão de fluxo tem a ordem de suas parcelas invertida e se ocorrer qualquer reversão de fluxo, os nós da rede são reclassificados topologicamente, de montante para jusante. Classificar os nós topologicamente permite que o método conserve massa, mesmo quando tubos muito curtos ou bombas e válvulas de comprimento zero são encontrados. Inicialmente, cada tubo na rede consiste em um único segmento cuja qualidade é igual à qualidade inicial atribuída ao nó a montante.